Margarita fue hija de un rico vendedor de cera, llamado Tomás Middleton, que era hacendado de la ciudad de York y que tuvo el cargo de comisario, del año 1564 a 1565. Este murió poco después y su esposa, luego de cinco meses, contrajo nupcias con un hombre de inferior condición, de nombre May, que estableció su residencia con la familia en la casa Middleton y Davygate.
Allí fue donde Margarita se casó, en 1571, con Juan Clitherow, ganadero y carnicero que, como el padre de Margarita, era un hombre acomodado y había tenido cargos públicos.
Margarita fue educada en el protestantismo, pero dos o tres años después de su matrimonio abrazó la fe católica, después de haberla estudiado.
Su esposo, bondadoso y de buen carácter, parece no haberse opuesto entonces ni en ningún momento a los deseos de su mujer. Él no tenía madera de héroe y continuaba conforme a la religión del Estado.
El señor Clitherow acostumbraba decir que encontraba dos defectos en su mujer: que ayunaba demasiado y que nunca lo acompañaba a la iglesia. Muy al principio, parecía que Margarita podía practicar su fe sin mucha dificultad y podía buscar a los apóstatas y hacer que se convirtieran, pero las leyes se hicieron más duras y fueron cumplidas más estrictamente.
Varios cautelosos amigos le advirtieron que fuera más circunspecta. Se le impusieron multas al señor Clitherow por las continuas faltas de asistencia de su mujer a la iglesia y a ella misma se le encarceló varias veces en el castillo, una de ellas por dos largos años. Las condiciones de vida allí, como sabemos por datos contemporáneos, eran muy malas; las celdas eran obscuras, húmedas, llenas de parásitos, y muchos de los cautivos morían durante su reclusión; aún así, Margarita consideraba esos períodos de encarcelamiento como retiros espirituales, orando y ayunando cuatro días a la semana, práctica que continuó después de obtener su libertad. No está clara la fecha en que ella empezó a abrir su casa a sacerdotes fugitivos, pero se sabe que continuó haciéndolo así hasta el fin, a pesar de la promulgación de la ley que castigaba con la muerte el dar albergue a los sacerdotes.
Los padres Thompson, Hart Thirkill, Ingleby y muchos otros habían estado ocultos en la cámara secreta para sacerdotes. Margarita también proporcionaba y se encargaba del cuidado de todo el material que se requería para el servicio del altar, tanto ornamentos como vasos sagrados.
Poseyendo una agradable figura, dotada de agudo ingenio y alegría, Margarita tenía una encantadora personalidad.
En muchos casos, gentes que sostenían otras creencias eran las primeras en escudarla y advertirle de algún peligro que la amenazaba. Más aún, como una verdadera mujer de Yorkshire, era una magnífica ama de casa y hábil para los negocios.
No nos sorprende encontrar que a menudo urgía a su esposo a desentenderse de la tienda y todas sus preocupaciones y dedicar sus energías a ventas al mayoreo. Empezaba cada día con una hora y media dedicada a la oración y meditación. Si había algún sacerdote disponible, se celebraba la misa y para escucharla se arrodillaba atrás de sus hijos y sirvientes en el lugar más bajo, a un lado de la puerta, tal vez para poder dar la señal de alarma en caso de ser sorprendidos.
Dos veces por semana, los miércoles y domingos, trataba de confesarse. Aunque no era una mujer muy culta, había aprendido mucho de los sacerdotes que frecuentaban la casa y conocía tres libros perfectamente: la Biblia, la Imitación de Cristo, de Tomás de Kempis y el Ejercicio de Perrín. En alguna ocasión -quizás en la cárcel-, había aprendido de memoria el pequeño oficio de Nuestra Señora en latín, en previsión de que Dios la llamase alguna vez a la vida religiosa.
El recuerdo de los sacerdotes martirizados a quienes ella había conocido y que habían sufrido en Knavesmire, estaba constantemente en ella y, cuando su esposo salía de viaje, ella algunas veces iba descalza en peregrinación con otras mujeres al lugar de la ejecución, fuera de las murallas de la ciudad. A todas horas, era esto una acción peligrosa debido a los espías, pero particularmente durante el día, y por lo tanto, iban generalmente de noche y Margarita permanecía meditando y orando bajo la horca "todo el tiempo que su acompañamiento se lo permitía".
Estas visitas pronto terminaron, ya que Margarita, durante el último año y medio antes de su aprehensión final tuvo que permanecer recluida en su propia casa, "como en libertad encadenada", por el delito de haber enviado a su hijo mayor a una escuela allende los mares.
El 10 de marzo de 1586, el señor Clitherow fue citado a comparecer ante el tribunal de York, establecido por el Gran Consejo del Norte y, en ausencia del amo, su casa fue cateada. No se encontró nada sospechoso, hasta que los esbirros llegaron a un cuarto alejado, donde los niños y otros más estaban siendo instruidos por un maestro de escuela llamado Stapleton, a quien ellos tomaron por sacerdote.
En la confusión que se siguió, el maestro pudo eludirlos y escapar por el cuarto secreto, pero los niños fueron interrogados y amenazados. Un niño extranjero, de once años, que vivía con la familia, se aterrorizó tanto, que descubrió la entrada del cuarto de los sacerdotes. Nadie lo ocupaba, pero en una alacena se encontraron vasos y libros que obviamente eran usados para la celebración de la misa. Estos fueron confiscados y Margarita fue aprehendida y llevada, primero ante el Consejo y después a prisión en el castillo.
Una vez tranquilizada sobre la seguridad de su familia, su valor nunca la abandonó y cuando dos días más tarde se le reunió la señora Ana Tesk, a quien el mismo niño había delatado por frecuentar los sacramentos, las dos amigas bromearon y rieron juntas hasta que Margarita exclamó: "Hermana, estamos tan contentas juntas que temo, a no ser que se nos separe, perder el mérito de estar encarceladas."
Poco antes de que se les citara a comparecer ante el juez, dijo: "Antes de partir, haré felices a todos mis hermanos y hermanas del otro lado de la sala"; y, mirando hacia ellos a través de una ventana hizo un par de horcas con sus dedos y agradablemente se rió de ellas.
Después de leído el cargo, en que se le acusaba de albergar y sostener a los sacerdotes y de oír la misa, el juez le preguntó si se consideraba culpable o inocente. Ella replicó: "No conozco ninguna ofensa por la que me deba declarar culpable", y cuando se le preguntó cómo quería ser juzgada, ella solo dijo: "No habiendo cometido ningún delito, no necesito ser juzgada".
Nunca se apartó de esta posición, aunque se le instruyó varias veces y se le urgió a que se declarara culpable y escogiera ser juzgada por un jurado. Ella sabía que esto significaba la muerte de todas maneras, pero si aceptaba ser juzgada, sus hijos, sirvientes y amigos serian llamados a atestiguar y, o mentirían para salvarla, cometiendo perjurio o tendrían que dar testimonio de lo que sabían y así sufrir el escándalo y la pena de haber causado su muerte.
Se hicieron muchos intentos para persuadirla a que apostatara o, por lo menos, a que se sujetara al juicio. El juez Clinch, que habría querido salvarla, fue dominado por los otros miembros del Consejo y, finalmente, pronunció la terrible sentencia que la ley inglesa decretaba para todo el que se negaba a declararse culpable, a saber, que debería ser prensado hasta morir. Ella oyó la sentencia con la mayor serenidad y dijo: "Gracias sean dadas a Dios; todo lo que Él me envíe es bien recibido. No soy digna de tener una muerte tan buena como esta".
Después de esto, fue puesta en prisión. Ni siquiera entonces se le dejó en paz, sino que fue visitada por diversas gentes que trataban en vano de conmover su constancia, incluyendo a su padrastro, Enrique May, que había sido elegido alcalde de York. Nunca le permitieron ver a sus hijos y solamente una vez pudo entrevistarse con su marido y eso en presencia del carcelero.
Margarita iba a ser ejecutada el 25 de marzo de 1586, viernes de la Semana de Pasión y la noche anterior, ella cosió su propia mortaja. Después pasó la mayor parte del tiempo de rodillas. A las ocho de la mañana, el comisario llegó a conducirla al calabozo, a pocos metros de la prisión y "todos se maravillaron de verla gozosa y de alegre semblante".
Llegados al lugar de la ejecución, se arrodilló para rezar y, algunos de los anglicanos ahí presentes le pidieron que rezara con ellos; pero Margarita rehusó, de la misma manera que el beato Guillermo Hart (sacerdote ahorcado y descuartizado por convertir protestantes a la fe católica) se había negado a hacerlo casi exactamente tres años antes. Ella rezó en voz alta por el Papa, los cardenales, el clero, los príncipes cristianos, y especialmente por la reina Isabel para que Dios la convirtiera a la fe y salvara su alma.
Entonces fue obligada a desnudarse y tenderse boca bajo en el suelo. Se le puso una piedra lisa sobre sus espaldas y sus manos fueron atadas a postes a los lados. Se colocó otra losa encima de ella y se pusieron pesas sobre esta piedra, hasta llegar a la cantidad de 700 u 800 kilos. Sus últimas palabras, al recibir el peso sobre su cuerpo, fueron: "¡Jesús, Jesús, ten misericordia de mí!".
Tardó alrededor de un cuarto de hora en morir, pero su cuerpo fue dejado seis horas en la prensa. Tenía aproximadamente treinta años. A su esposo le había enviado su sombrero "en señal de amorosa devoción, como cabeza de su familia" y a Inés, su hija de doce años, sus zapatos y medias para significar que debería seguir sus pasos.
La niñita se hizo monja en Lovaina, mientras que dos de los hijos de la mártir fueron después sacerdotes. Una de las manos de Margarita Clitherow se conserva en un relicario en el Convento Bar, en York.
